Dlouhou dobu předtím než Ekvádor ovládli Inkové,
vzkvétalo zde mnoho domorodých kultur. Podle archeologických objevů se odhaduje,
že tato oblast byla poměrně dobře osídlena již 4500 let před příchodem Inků.
Existují ale i domněnky, že k prvnímu osídlení došlo již 10000 let př.n.l.
Incká říše vzkvétala v oblasti dnešního Peru od 11.století, ale území Ekvádoru
začala dobývat až v polovině 15.století za vlády krále Yapaqui a jeho syna Túpac
Yapaqui. Společně se jim podařilo podrobit si severní část území a po smrti
otce, Túpac Yapaqui, rozšířil říši dále na jih. Za jeho vlády byla postavena
obdivuhodná síť silnic, jejichž pozůstatky jsou turisty i místními dodnes
využívány. Po své smrti odkázal říši svým dvěma synům, kteří svými tahanicemi o
moc dovedli zemi až k občanské válce. Období zmatků skončilo roku 1532, kdy
Atahualpa porazil svého bratra a upevnil svou pozici vládce Incké říše. Mír a
klid, ale netrval dlouho. Ani ne za rok přijeli do Jižní Ameriky Španělé pod
vedením Francisca Pizarra a Diega de Almarga. Atahualpa vítal Španěly jako
přátele, ale svůj omyl si uvědomil příliš pozdě. Poté, co se odmítl podrobit
španělské koruně a přijmout křesťanství, bylo hlavní incké město Cajamarca
napadeno Pizarrovou armádou a bez větších obtíží přemoženo. Atahualpa byl zajat
a odsouzen ke smrti upálením. Když na nátlak přijal křesťanskou víru byl jeho
trest zmírněn na oběšení. Národ bez svého vůdce byl pro Španěly snadnou kořistí
a říše byla přemožena. Quito bylo Španěly dobyto roku 1534 po porážce generála
Rumiñahuiho, který ale město nejprve srovnal se zemí, než aby ho vydal
conquistadorům.
Na dalších několik set let se Ekvádor stal poklidnou španělskou kolonií, kde
vzkvétalo zemědělství a umění. Bylo stavěno mnoho kostelů a klášterů, rozvíjelo
se pěstování banánů a chov hovězího dobytka. Pro kolonizátory to bylo období
prosperity, ale práva a svoboda domorodých obyvatel a mesticů byla tvrdě
potlačována, což nakonec muselo vést k povstání. První pokusy o vymanění se ze
španělské nadvlády se objevovaly již od roku 1809, ale k úspěšnému konci je
dovedl až o deset let později Simón Bolívar. V roce 1819 pochodoval jižně z
Caracasu a podpořil obyvatele města Guayaquil při vyhlášení nezávislosti
9.10.1820. Trvalo ještě další dva roky než byla celá země osvobozena.
Rozhodující bitva byla vybojována 24.5.1822 na úpatí sopky Pichincha. Důstojník
Bolívarovy armády Antonio José de Sucre porazil prošpanělské jednotky a dobyl
Quito. Bolívar pak ustanovil Quito jižním hlavním městem nově vzniklého státu
Grand Colombia, který zahrnoval dnešní Kolumbii, Ekvádor, část Panamy a
Venezuely. Jeho sen o vytvoření jednotného jihoamerického státu se ale nesetkal
s pochopením místních obyvatel a roku 1830 představitelé Quita vybojovali
nezávislost. Nově vzniklý stát byl pojmenován Ekvádor kvůli své poloze poblíž
rovníku.
Nejkontroverznějším vládcem Ekvádoru se stal diktátor Gabriel García Moreno,
který vládl v letech 1845 – 1860. Hlavním důsledkem jeho velmi konzervativní
vlády bylo významné upevnění moci a vlivu katolické církve. Ta získala velká
privilegia, výuka na školách byla svěřena jezuitům a občanská práva byla vázána
na vykonávání náboženských povinností. To trvalo až do vystoupení Radikálně –
liberální strany a vypuknutí krvavé občanské války, jejímž výsledkem bylo
oddělení církve od státu a zrovnoprávnění všech náboženství v zemi roku 1875.
Další vývoj v zemi je typickým latinskoamerickým zmatkem otevřených bojů mezi
konzervativci a liberály. Tyto rozbroje se táhnou celou jeho nezávislou historií
a trvají až do dnešních dní. Quito zůstává hlavním sídlem prokatolických
konzervativců, kdežto Guayaquil je centrem liberálně smýšlejících obyvatel.
Obyvatelé Quita přezdívají obyvatelům Guayaquilu monos (opice) a lidé žijící v
Guayaquilu zase považují quiteños (obyvatele Quita) za usedlé a hloupé.
Objevem zásob ropy v šedesátých letech se začala psát nová historie této do té
doby „banánové“ republiky. Ačkoliv je prodej ropy stále nejdůležitějším zdrojem
státních příjmů, velkou prosperitu její objev zemi nepřinesl. Zásoby nejsou tak
velké jak se doufalo a nešetrná těžba způsobila nenapravitelné škody místní
přírodě. Přesto bylo díky ní období 60. a 70. let pro obyvatele relativně
politicky stabilní.
V dalších letech se Ekvádor nacházel v krizi, která vyvrcholila v roce 1999 za
vlády Jamila Mahuada, kdy inflace dosáhla neuvěřitelných 60%. Prezident sáhl k
drastickému řešení – dolarizaci země. Nestabilní ekvádorská měna byla nahrazena
americkým dolarem. Oznámení plánu vyvolala velkou vlnu nepokojů, protestů a
stávek, ale nakonec byl plán přeci jen prosazen a zrealizován. V září roku 2000
se USD stal oficiální měnou Ekvádoru. Ačkoliv během několika let klesla inflace
na 20%, tento radikální zásah způsobil místním obyvatelům obrovské ztráty
majetku, velký nárůst cen a propad ekonomiky, se kterým se země dodnes
vyrovnává.